【質問】

追加ドメインで取得したドメイン名のディレクトリ下にcgi-binというディレクトリがありますが、cgi-binに設置したいcgiをアップロードすると動きません。 
Internal Server Errorになっていて、パーミッションも間違ってない筈だしおかしいな？と思ってコントロールパネルのファイルマネージャーから見てみると、 
http://追加ドメイン名/cgi-bin/設置cgi　の筈が 
http://メインドメイン名/追加ドメイン名/cgi-bin/設置cgi　になっていました。 
試しにcgi-binではなく、違うディレクトリを作成してcgiをアップロードしてみたところ、正常に動作しました。 
疑問なのですが… 

・cgi-binは使えないのでしょうか？ 
・cgiをcgi-bin以外の場所で動作させても問題ないのでしょうか？

【回答】

CGIについてですが、CGIは cgi-bin でなくても動作します。